7. ユーザによるサンプルデータの実行 7.1 AdvTriPatch 7.1.1 環境設定 一般ユーザでログイン %emacs .cshrc PATHにadventureソフトの実行モジュール置き場を追加するためにPATHを設定する行を次のように変更。 setenv PATH /usr/local/bin:${PATH}:${HOME}/bin:/usr/local/adventure/bin 7.1.2 解析作業ディレクトリとサンプルデータ置き場の作成 %mkdir analysis
%cd analysis
%mkdir samples
%cd samples
%mkdir patchSample
%cd patchSample
%cp ../../../adventure/AdvTriPatch-0.82b/sample_data/adventure_manual_data02.igs ./sample1.igs
%cp ../../../adventure/AdvTriPatch-0.82b/sample_data/adventure_manual_data02.ptn ./sample1.ptn
7.1.3 サンプルデータの実行 (1)sample1 %ADVENTURE_TriPatch sample1 sample1 約3秒で実行終了。節点数約5400。パッチ数約11,000。
watermelonにファイルを転送してvrwebでパッチを確認した。Linuxへのvrweb/vrwaveのインストールはBCToolでmesaのインストールが成功したことを確認した後にする。 7.2 AdvTetMesh 7.2.1 サンプルデータ置き場の作成 一般ユーザでログイン %cd analysis
%cd samples
%ls
patchSample/
%mkdir tetMeshSample
%ls
patchSample/ tetMeshSample/
%cd tetMeshSample
%cp ../patchSample/sample1.pch ./
%cp ../patchSample/sample1.ptn ./
%ls
sample1.pch sample1.ptn 7.2.2 実行 %advtmesh8m sample1 -s -p 87秒でメッシュ生成終了。-sは二次節点生成の意味。-pはVRMLファイル出力の意味。 7.2.3 結果の確認 %ls
sample1.msh sample1.pch sample1.ptn sample1_e.wrl sample1_n.wrl sample1_e.wrlが表面メッシュ
sample1_n.wrlが表面メッシュプラス表面節点(赤)、内部節点(水色)
節点数:97904
要素数:66099 7.3 AdvBCtool 7.3.1 サンプルデータをコピーしてくる 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%ls
patchSample/ tetMeshSample/
%mkdir bcToolSample
%ls
patchSample/ tetMeshSample/ bcToolSample/
%cp tetMeshSample/sample1.msh bcToolSample/
%cd bcToolSample 7.3.2 メッシュの表面抽出実行 %msh2pcg sample1.msh 4 12秒で終了。 %ls
%sample1.msh sample1_4.fgr sample1_4.pcg sample1_4.pch sample1_4.trn 7.3.3 境界条件設定 7.3.3.1 GUIツールの立ち上げ %bcGUI sample1_4.pch sample1_4.pcg Warning: Cannot allocate colormap entry, some colors may be incorrect が表示されるが、さくさく動いて快適である。 webで検索したら let me guess you are using 8 bit per pixel colordepth (256 colors????) flip to 16bpp I think
startx -- -bpp 16
but am not sure anymore or add:
DefaultColorDepth 16
to the screen section of your XF86Config file ( in /etc/X11 on a redhat) startx -- -bpp 16 で警告はなくなった。XF86Config fileの該当すると思われる部分をColorDepth 16に編集してもだめだった。編集個所が悪いかも知れない。 (11/29追記)
XF86Configの
Section "Screen"
Driver "SVGA"
のところで、
DefaultColorDepth 16 (8から16に変更)
とすることで、
startx
のみで起動しても16ビットモードで起動するようになった。
また、同時に
Section "Keyboard"
のところで
XkbSymbols us(jp106)
XkbModel jp106
XkbLayout jp
に変更して、106キーボード配列で使用するようにした。
(追記ここまで) しかしGnome終了後に /dev/dsp: そのようなデバイスはありません
...
esd: Esound sound daemon already running or stale UNIX socket
...
GnomeUI-WARNING **: Could not open help topics file NULL
** CRITICAL **: file glayout.c: line 548 (create_new_menu_from): assertion `shell != NULL' failed.
...
GNOME Help-DEBUG: CORBA user exception: IDL:omg.org/CosNaming/NamingContext/NotFound:1.0
waiting for X server to shutdown Gdk-ERROR **: X connection to :0.0 broken (explicit kill or server shutdown). webで検索してみた。 平本といいます。いつもお世話になっています。
私も上田さんと同じメッセージが出て、次のように解決しました。
/dev/dsp はサウンドで使うデバイスのようです。
それで上田さんの同じように権限を変えましたが、私の方も同じでした。
ただ私のパソコンに、サウンドカードが組み込まれてないので
まず
GNOMEのコントロールセンター(?)だったと思いますが、そこでみると
linuxconfなどを立ち上げたとき音がなる設定になっていたのです。
それでそれを解除しました。
それ以降エラーメッセージは出なくなりました。
一度確かめてはいかがでしょうか。
Kazutomi さんは書きました:
>ところが、ユーザーを追加しようと思い linuxconf を起動したところ
>remadminからのエラーメッセージです: /dev/dsp: そのようなデバイスはありません
>とのメッセージが出て起動します。ユーザーの追加はできたのですが
>チョット気になります。
># ls -l /dev/dsp
>crw------- 1 tommy sys 14, 3 Apr 18 1999 /dev/dsp
>となっていたので
># chown root /dev/dsp
># chmod 777 /dev/dsp
>#ls -l /dev/dsp
>crwxrwxrwx 1 root sys 14, 3 Apr 18 1999 /dev/dsp
>としましたがメッセージ内容は同じでした。
>御指導アドバイスお願いします。
コントロールセンタを立ち上げてサウンドの設定を見てみたが、全部無効だった。 更にwebで検索した。 こちらのメッセージも出ていましたが、gnome 起動時に実行する プログラムを減らしたら、"rm ...." 以外は出なくなりました。 7.3.3.2 変位拘束と面荷重の設定 (1)シフトキーを押しながらマウスを左クリックして節点を選択する。
(2)マウスの右クリックで節点に隣接する面を順番に選択できる。
(3)メニューで
BC > Add Displacement
(4)現れたダイアログボックスで取り敢えずX,Y,Z全てをチェックする。
(5)OKボタンをクリックする。
(6)さっきとは別の面を選択する。
(7)メニューで
BC > Add Load
(8)現れたダイアログボックスで適当な方向(例えばY)をチェックして、荷重の大きさ(例えば50.)を入力する。 7.3.3.3 境界条件の保存 (1)メニューで
File > Save Condition sample1_4 を入力するとsample1_4.cndが作成された。 7.3.3.4 境界条件の確認 (1)メニューで
View > Boundary Condition > View Load 荷重を設定した面がワインカラーで表示される。 (2)メニューで
View > Boundary Condition >View Displacement 荷重を設定した面が濃い緑色で表示される。 7.3.4 物性値ファイルのコピー %cd
%cd adventure/AdvBCtool-0.81b/sample
%cp sample.dat ../../../analysis/samples/bcToolSample/ 7.3.5 一体型モデル生成 %cd
%cd analysis/samples/bcToolSample
%makefem sample1.msh sample1_4.fgr sample1_4.cnd material.dat sample1_4.adv -t sample1_4.trn 7.3.6 結果確認 %ls
sample1.msh sample1_4.cnd sample1_4.pcg sample1_4.trn material.dat sample1_4.adv sampel1_4.fgr sample1_4.pch 7.4 AdvMetis 7.4.1 サンプルデータをコピーしてくる 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%ls
bcToolSample/ patchSample/ tetMeshSample/
%mkdir metisSample
%ls
bcToolSample/ metisSample/ patchSample/ tetMeshSample/
%cp bcToolSample/sample1_4.adv metisSample/
%cd metisSample 7.4.2 実行 %mpirun -np 2 /usr/local/adventure/bin/adventure_metis sample1_4.adv . 5 実行時間3分。
Write domains end. 100.44xxx [sec]
にとても時間がかかっている。 7.4.3 結果の確認 %ls
model sample1_4.adv
%ls model
advhddm_in_0.adv advhddm_in_1.adv 7.4.4 ネットワーク非接続状態での実行テスト 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%cd metisSample
%ls
model/ sample1_4.adv
%rm -R model
%mpirun -np 2 /usr/local/adventure/bin/adventure_metis sample1_4.adv . 200 約1分で終了。問題はないようである。 7.5 AdvSolid 7.5.1 サンプルデータをコピーしてくる 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%ls
bcToolSample/ metisSample/ patchSample/ tetMeshSample/
%mkdir solidSample
%ls
bcToolSample/ metisSample/ patchSample/ solidSample/ tetMeshSample/
%cd solidSample
%mkdir sample1
%cp -R ../metisSample/model ./
%cp ~miyoshi/adventure/AdvSolid-0.81b/sample_data/advsolid.conf ./
%emacs advsolid.conf #MPIRUN=/usr/bin/mpirun を MPIRUN=/usr/local/bin/mpirun に変更。 DATADIR=cube_p2d2 を DATADIR=sample1 に変更。 7.5.2 実行 %advsolid -conf advsolid.conf
Use logfile:run.log
.....
[0]Cannot find num_parts in input file, Sample1/model/advhddm_in_0.adv
で異常終了。 :結局
DATADIR=sample1
は
DATADIR=.
にするのが正解。単なる勘違い。 %advsolid -conf advsolid.conf
Starting /usr/local/adventure/bin/advsolid-p (Version: 0.81(beta))
Date: Fri Aug 3 17:53:41 2001
Options: -result --disp --str --stra .
[0] got num_parts = 2 from ./model/advhddm_in_0.adv
[0] Host: heat, Rank 0, Group: 1, RankInGroup: 0, System PID: 22259
[1] Host: heat, Rank 1, Group: 1, RankInGroup: 1, System PID: 22263
[0] Start reading ./model/advhddm_in_0.adv, time 6.28006
[0] Finish reading ./model/advhddm_in_0.adv, time 6.80654
[1] Start reading ./model/advhddm_in_1.adv, time 2.8026
[1] Finish reading ./model/advhddm_in_1.adv, time 3.31287
[0] Start sending material data, time 7.81002
[0] End sending material data (1), time 7.89025
[1] Got material data (1)
Start solver, time 8.48995
Received disconnect: Command terminated on signal 9.
[0] Calloc: Memory allocation failed in domfem.c at line 260
[0] Currentry 717455632 bytes are used, 475476240 bytes were requested.
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!
p4_error: latest msg from perror: メモリを確保できません
p0_22259: p4_error: : -1
bm_list_22260: p4_error: interrupt SIGINT: 2 31分40秒実行してから、メモリ不足で異常終了。Metisで領域を細かく分割するべきだという情報を得た。AdvSolidマニュアルの2.2 分割領域数の決め方(12ページ)を参照。 cube_p2d2はかなり小さいのでそちらを試す。 %mv model sample1Model
%cp advsolid.conf cube_p2d2.conf
%mv advsolid.conf sample1.conf
%cp -R ~miyoshi/adventure/AdvSolid-0.81b/sample_data/cube_p2d2/model ./
%emacs # MPIRUN=/usr/bin/mpirun を MPIRUN=/usr/local/bin/mpirun に変更。 DATADIR=cube_p2d2 を DATADIR=. に変更。 %advsolid -conf cube_p2d2.conf 2秒で正常終了。 7.5.3 結果の確認 %ls result
advhddm_out_0.adv advhddm_out_1.adv 7.5.4 ネットワーク非接続状態での実行テスト 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%cd solidSample
%ls
cube_p2d2.conf model/ result/ run.log runSample1.log sample1.conf sample1Model/
%mv sample1Model sample1Model_2_5
%rm -R result/
%mv result cube_p2d2Result
%rm run.log 2パート、5領域のモデルを名前を変える。cube_p2d2の結果も名前を変更。ログファイルは削除。 先ずは小さいcube_p2d2モデルでラン。 %advsolid -conf cube_p2d2.conf 2秒で正常終了。 次にsample1の2パート、200領域モデルに挑戦。 %mv result cube_p2d2SingleResult
%mv model cube_p2d2Model モデルと結果を名前変更。 %cp -R ../metisSample/model/ model
%advsolid -conf sample1.conf 3時間14分で終了。メモリは357MBbytes使用。 %ls result
advhddm_out_0.adv advhddm_out_1.adv 7.6 AdvVisual 7.6.1 サンプルデータをコピーしてくる 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%ls
bcToolSample/ metisSample/ patchSample/ solidSample/ tetMeshSample/
%mkdir visualSample
%ls
bcToolSample/ patchSample/ tetMeshSample/
metisSample/ solidSample/ visualSample/
%cd visualSample
%mkdir cube_p2d2
%cp -R ../solidSample/model/ cube_p2d2
%cp -R ../solidSample/result/ cube_p2d2
%ls cube_p2d2/model/
advhddm_in_0.adv advhddm_in_1.adv
%ls cube_p2d2/result/
%advhddm_out_0.adv advhddm_out_1.adv 7.6.2 iniファイルとinpファイルの準備 ini %cd ..
%cp ~miyoshi/adventure/AdvVisual-0.2b/examples/SAMPLE_adv-visual.sys adv-visual.sys
%emacs adv-visual.sys adv-visual.sysの名前は指定されている。advvisを起動するディレクトリに置かなくてはいけない。完全に書き直す 11111
33333
1
heat
/usr/local/adventure/bin/advvis_server inpファイルを作ります。 %cd cube_p2d2
%emacs adv-vis.inp 2
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_0.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_0.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_1.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_1.adv 7.6.3 実行 %cd ..
%advvis メニュー File > Open ファイルダイアログで*.inpファイルを選択して、OKをクリック。 メニュー Server > Initialize Master Serverの選択肢はheatしかないが、選択しないと次のHost Listテキストフィールドが入力可能にならない。 Host Listの下のテキストフィールドにマウスポインタを当てる。 heat をテキストフィールドに入力してinsertボタンをクリック。Number of Slavesが2なのでheatをもう一回入力する。 既に入力したheatをクリックすると、同じ文字列がテキストフィールドに書かれる。そこでInsertボタンをクリックするとheatがリストに追加される。OKボタンをクリックしてダイアログを閉じる。 メニュー Server > Control 新たにダイアログが開かれる。 Startボタンをクリックする。Connectボタンをクリックする。 Error: Failed to connect Server
?Host:[heat], Port number[11111] rshをパスワード無しで許可すれば良いのではないかと考えた。しかし、全員にそれを許可する訳にはいかないので、それをコントロールする方法を調べた。参考URL 7.6.3.1 tcp_wrapper http://www.vinelinux.org/manuals-sjis/server.txt tcp_wrapperによるアクセス制限を使う。 /etc/hosts.deny 使用例。telnetやrsh,rloginなどによってアクセスできないよ うにする in.telnetd: ALL
in.rshd: ALL
in.rlogind: ALL /etc/hosts.allow 使用例。vinelinux.orgドメインのホスト)からはアクセスを許可したい ALL: LOCAL
in.telnetd: .vinelinux.org 7.6.3.2 rsh 7.6.3.2.1 現状確認 heatで rsh heat を実行すると、 rcmd: heat: Connection reset by peer でうまくいかない。 http://flex.ee.uec.ac.jp/japanese/computer/Subnet/rsh.html rshdをインストールしなくてはいけないようだ。 /etc/inetd.conf でon/offをコントロール。中身を見たらコメントアウトはされてなかった。rshはあまり安全ではないらしい。 7.6.3.2.2 ダウンロード rsh-server-0.16-12.i386.rpm を http://sakura.sfc.wide.ad.jp/pub/linux/Vine/Vine-2.1.5/i386/Vine/RPMS/ からwatermelonにダウンロードした。 一般ユーザでログイン %ftp 133.11.74.243 get rsh-server-0.16-12.i386.rpm 7.6.3.2.3 rpmでインストール %su
#rpm -i rsh-server-0.16-12.i386.rpm
#exit 7.6.3.2.4 途中検証 (1)heatから %rsh heat
Password:xxxx rloginに成功。 /ets/hosts.denyに in.rshd: ALL
in.rlogind: ALL を設定した。 (2)他のマシンから 例えばadventure.q.t.u-tokyo.ac.jpからはrloginやrshできないことを確認した。 (3)heatでなくlocalhost %rsh localhost 成功 (4)ネットケーブルを抜いたら %rsh heat
%rsh localhost は成功。 %rsh 133.11.75.130 は rcmd: heat: Connection reset by peer %rsh adventure.q.t.u-tokyo.ac.jp lookup failure (5)ケーブルを抜いたままで、advvisのconnectに再挑戦 SockInetClient: connect:接続を拒否されました 7.6.3.2.5 パスワード不要にする。 一般ユーザでログイン %su
#emacs /etc/hosts.equiv heat を追加した。 7.6.3.2.6 再び検証 ケーブルは抜いたまま。 %rsh heat
Last login: Sat Aug 4 18:25:42 from heat
[miyoshi@heat miyoshi]$ パスワード不要確認。 %advvis
File > Open
*.inpファイルを選択して、OK
Server > Initialize
Master Serverの選択肢でheatを選択
Host Listに
heat insert
既に入力したheatをクリック insert
OK
Server > Control
Startボタン
Connectボタン
Connecting Server
Initialization is successfuly completed.
=============================================
ADVNETURE_Visual 0.2
=============================================
Slave[0]:heat PID=27176
Slave[1]:heat PID=27180 7.6.3.3 実行の続き Read Analysis Model Datasetボタンをクリック
Read Results Datasetボタンをクリック 新しいダイアログで
AllNodeVariable:Displacement:v3
を選択
Loadボタンをクリック。
Cancelボタンをクリック。 断面を指定中にフリーズ、強制終了したら X Error of failed request: BadDrawable (invalid pixmap or Window parameter)
Major opcode of failed request: 14(X_GetGeometry)
Resource id in failed request: 0x4000787
Serial number of failed request: 149185
Current serial number in output stream: 149185 connectに失敗した。 SockInetServer: accept: 間違った引数です
MasterServer: cannot accept client.
SockInetClient::connectServer() _hostName[heat] が2回表示された。rsh heatは可能。 日本語コンソールを一旦終了させたが、症状が繰り返す。 SockInetServer: accept: 間違った引数です
MasterServer: cannot accept client. はStartをクリックした瞬間に出る。 マシンをリブートしたら直った。ネットケープルをずっと抜いていたのが原因か? 7.6.3.3.1 変位表示 cube_p2d2の結果。 成功。Vectorの各成分をロードすると即座にコンター表示が変化する。 7.6.3.3.2 応力(テンソル)表示 Tensorの各成分をロードすると、Server Controlダイアログに読み込んだ数値が流れていくが、変位コンター図のままでコンター図は変化しない。応力の各成分を表示させる方法がマニュアルを読んでも分からない。 7.6.4 ネットワーク非接続状態での実行テスト 一般ユーザでログイン %tcsh
%cd analysis
%cd samples
%cd visualSample
%ls
adv-visual.sys cube_p2d2/
%mkdir sample1
%cp cube_p2d2/adv-vis.inp sample1/
%cp -R ../solidSample/result/ sample1/
%cp -R ../solidSample/model/ sample1/ ソルバーによる解析結果をコピーする。sample1の解析に成功したので、それを持って来た。モデルもコピーした。2領域なのでcube_p2d2用のadv-vis.inpを編集して、cube_p2d2のファイル名から変更が必要。 %emacs sample1/adv-vis.inp 例えば、 /home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_0.adv から /home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/sample1/model/advhddm_in_0.adv へ変更。その他も同様。 %startx -- -bpp 16
%advvis
File > Open
*.inpファイルを選択して、OK
Server > Initialize
Master Serverの選択肢でheatを選択
Host Listに
heat insert
既に入力したheatをクリック insert
OK
Server > Control
Startボタン
Connectボタン
Connecting Server
Initialization is successfuly completed.
Connecting Server...
Initialization is successfully completed.
================================================
ADVENTURE_Visual0.2
================================================
Slave[0]:heat PID=1538
Slave[1]:heat PID=1541
Read Analysis Model Datasetボタンをクリック 固まってしまった。ps -u miyoshiで見たらAdvSolidのゾンビがいくつか残っていたので、それを削除した。もう一度最初からやり直した。 Read Results Datasetボタンをクリック モデルを表示した後で固まる。モデルが大きいせいかと考えてcube_p2d2に変更したが、connectもできなくなってしまった。 分ったこと。 (1)advvisをバックグラウンドで立ち上げるとフリーズする。(Ctrl-Cの後fgで復活する)
(2)モデルの読み込みはパラレルモードでないとだめ。(モデル依存性有り)
(3)モデルのメッシュ表示の前にワイヤフレーム表示をするとOK、しないとフリーズ。
(4)応力を読み込むとServer Controlダイアログの中に数値が流れる。(再現性有り)
(5)フリーズしないときでもメインウィンドーの反応がかなり遅くなり、フリーズしたと間違えやすい。 7.6.5 訳が分らなくなったのでネットワーク接続状態での実行テスト AdvVisual付属のtestという名前のサンプルデータを試す。 %pwd
%/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample
%cp -R ~miyoshi/adventure/AdvVisual-0.2b/examples/test/ ./
%ls test
SAMPLE.inp model/ result/ こちらは4パートなのでadv-visual.sysとtest/SAMPLE.inpを修正する。 %emacs adv-visual.sys %emacs SAMPLE.inp
4
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_0.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_0.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_1.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_1.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_2.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_2.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/model/advhddm_in_3.adv
/home/miyoshi/analysis/samples/visualSample/cube_p2d2/result/advhddm_out_3.adv 7.6.6 再度ネットワーク非接続状態での実行テスト 利用データはtest
connect成功
モデル読み込みと表示成功。メッシュ表示も成功。(パラレルモード)
ワイヤフレーム表示成功。
x成分変位コンター読み込みと表示成功。(パラレルモード)
応力テンソルxx成分を読み込むとデータがServer Controlダイアログに流れる。表示も不能。
変形形状表示成功。
領域分割表示成功。
メッシュ付きコンター図(変位)表示成功。
DispNormの表示に失敗したと思ったら、Arrow Sizeが小さすぎるだけであった。Disp Colorも成功。
Mix Mode表示成功。
Opacityの変更も成功。 利用データはsample1
connect成功
モデル読み込みと表示成功。メッシュ表示も成功。(パラレルモード)
メッシュの回転成功。
x成分変位読み込みに失敗。マウスやボタン類の再描画は可能だが、表示は機能しなくなった。
終了。
%advvis
connectに失敗。
SockInetClient: connect: 接続を拒否されました
%ps -u miyoshi
ゾンビはなし。
gnomeからlogout
%startx -- -bpp 16
日本語端末を開き
%tcsh
%cd analysis/samples/visSample/
%advvis
connect成功
モデル読み込み、モデル表示、メッシュ表示成功。
x変位読み込みとコンター表示、メッシュ付きコンター表示及びその回転に成功。意外に軽く回る。
y変位読み込みとメッシュ付きコンター表示に成功。
xx成分応力の読み込みに失敗。
断面コンター図の表示に成功。最初の表示は凄く重い。が回転はそれほどでもない。
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作成者: 株式会社インサイト 三好昭生 |